Институционалните почетоци на дејноста се врзани за работата на Републичкиот завод за здравствена заштита во Скопје, со Одделението за медицина на трудот, потоа Институтот за медицина  на трудот и техничка сигурност при „Рудници и железарница – Скопје” кој се развива од Службата за медицина на трудот во рамките на Металуршкиот комбинат „Рудници и железарница – Скопје”, како и во новоформираните здравствени станици за медицина на трудот во работните организации, пред сé во фабриките, кои ги спроведувале стручните активности во рамките на специфичната здравствена заштита на работниците. Во тие години на засилен развој на медицината на трудот се создава професионалното јадро од првите доктори специјалисти по медицина на трудот кои биле главни носители на дејноста.

Како резултат на организираното дејствување и пројавениот стручен и општествен интерес, во 1967 годдина формирана е Секцијата за медицина на трудот при Македонското лекарско друштво (МЛД), која потоа прераснува во Здружение на доктори специјалисти по медицина на трудот при МЛД.

Во 1965 година, формиран е Отсек за медицина на трудот при Градскиот завод за здравствена заштита во Скопје, под раководство на Владимир Цветанов, лекар со завршени постдипломски студии во Школата за народно здравје „Д-р Андрија Штампар”. Покрај него во Отсекот работеле и

двајца лаборанти.

Во тек на наредните неколку години, Отсекот ги реализира превентивните медицински прегледи на ризичните работни места во графичката дејност, производството на органохлорни пестициди, преработката на кожа, кај работници експонирани на живини пареи во погонот за електролиза и др. Во врска со овие активности се воведуваат нови дијагностички методи како што се одредување базофилно пунктирани еритроцити и копропорфирини во урина, епикутани тестови и функционални белодробни тестови (т.н. мала спирометрија) и др. Резултатите од спроведените испитувања се евалуирани и како трудови презентирани и печатени во рамките на повеќе конгреси на тогашно југословенско ниво. Некои од трудовите кои имаа научноистражувачки карактер, на пр. „Дерматит предизвикан од натриум бихромат”, „Lead poisoning from earthenware dishes and piots in the Macedonian SR”, и „Miliaria rubra as an occupational diseases in special conditions of working environment” беа публицирани и во стручни списанија (Македонски медицински преглед, Arhiv za higijenu rada i toksikologiju и др.). Во април 1970 година, на Медицинскиот факултет во Загреб, Владимир Цветанов ја брани првата магистерска теза од областа на медицината на трудот од Македонија со наслов ”Токсиколошки ефекти на живините пареи во погонот за електролиза”. Во тоа време, Никола Илиев, фармацевт, специјалист по токсикологија, ја води лабораторијата и е задолжен за реализација на токсиколошките анализи.

1969 година се смета за почеток на развојот на професионалната алерго-пулмологија во Македонија со систематска обработка и алерголошки тестирања на работници експонирани на брашнена прашина, а евалуираните резултати се објавени во германското научно медицинско списание „Allergologie und Asthma” истата година.

Во 1968 година, со доаѓањето на Јован Васевски, доктор-специјалист по медицина на трудот, во Отсекот започнува интензивен и континуиран развој и воведување нови методи во функционалната белодробна дијагностика.

Во текот на седумдесетите години, започнуваат интеграциони процеси на амбулантно-поликлиничките установи во рамките на Здравствениот дом на Скопје, при што Отсекот се трансформира во Одделение за медицина на трудот, а потоа со 20 здравствени станици во работните организации кои се трансформираат во диспанзери за медицина на трудот се формира РЕ Служба за медицина на трудот. Овој процес на оформување и унапредување на новата организациона единица е збогатен со прием на нов кадар (доктори-специјалисти по медицина на трудот: Даме Петровски, Тома Грчев и Ефтим Манасиев; Катерина Николовска, дипл. хем. и др.) и нова опрема (Ртг кабинет, Лабораторија за работна околина и др.).

Во 1975 година, Одделението од просториите на амбулантата Тафталиџе се преселува во дел од просториите на „Рудници и железарница – Скопје”, при што Службата за медицина на трудот при Здравствениот дом на Скопје се интегрира со припојување на кадарот и опремата со Институтот за медицина на трудот и техничка сигурност при „Рудници и железарница – Скопје” во една институција – Завод за медицина на трудот при Здравствен дом Скопје.

Со ова се обезбеди не само просторно проширување, туку и кадровско зајакнување од Институтот на „Рудници и железарница – Скопје” (Трајко Орушев – професор на Медицинскиот факултет, доктори-специјалисти по медицина на трудот Костадин Грековски, Димитар Кичев и Неда Ежова, Ѓорѓи Георгиев-рендгенолог, Стеван Бауер-токсиколог, Стојка Деливанова-офталмолог) во новоформираниот Завод за медицина на трудот.

Со формирањето, Заводот, почнува да ги бележи новите развојни чекори. Притоа вработените ги следат проблемите на професионалната патологија во одделни дејности (текстилна, дрвна, прехранбена, тутунска, цементна индустрија и др.), воведуваат нови методи во различни сегменти од медицината на трудот, ги објавуваат добиените резултати (хелиум метода за дистрибуција на гасови, анализа на белодробни крвни гасови, капилароскопија, одредување феругинозни телца во спутум при експозиција на азбестни влакна и др.). Се примаат нови млади кадри, пред сé лекари, со што се обезбедува одличен потенцијал за понатамошен стручен и научен развој на дејноста.

Во 1987 година, поранешното Одделение се одвојува од диспанзерите за медицина на трудот и како самостојна РЕ Завод за медицина на трудот во рамките на Здравствениот дом на Скопје се вселува во новата, современо опремена зграда со корисен простор од над 1000 m², односно во сегашните простории на Институтот за медицина на трудот на Р. Македонија. За својата организациона и стручна активност и покажани резултати во работата во изминатиот период Заводот ја доби „13 Ноемвриска награда на град Скопје”.

Заводот и во наредните години продолжува со континуиран развој на стручно и научно ниво, со нов концепт, современи активности и насоки на дејствување, и покрај комплексните процеси на реформи во здравствениот сектор во рамките на новите и изменетите социо-економски услови на самостојната држава.

Во 2008 година, со одлука на Владата на Р. Македонија, Заводот се трансформира во самостојна институција, ЈЗУ Институт за медицина на трудот на Р.Македонија, како врвна, национална, референтна установа од областа на медицината на трудот.  Активностите и покажаните резултати во развојот на медицината на трудот на национално и меѓународно ниво и обезбедија високо реноме на оваа институција, што се потврди во 2003 година со нејзиното назначување за единствен Колаборативен центар на Светската здравствена организација во нашата земја.

Институтот за медицина на трудот, СЗО Колаборативен центар, како наставна база на Медицинскиот факултет е седиште на Катедрата за медицина на трудот, конституирана како самостојна Катедра на 25.09.2001 година, по раздвојувањето на заедничката катедра – Катедра за хигиена и медицина на трудот.

Во 2019 година, Институтот  со одлука на Влада на Р.С. Македонија  е именуван во ЈЗУ Институт за медицина на трудот на Република Северна Македонија- Скопје.